Valkyria Chronicles изображает Европу, разделенную на две части и управляемую двумя сверхдержавами: Империей и Федерацией. Империя намерена вторгнуться в маленькую нейтральную страну под названием Галлия, расположенную между территориями двух сверхдержав, с целью получения бесценных природных ресурсов.

Герой по имени Велкин вместе с сослуживцами 7-го взвода Федерации пытается противостоять вторжению, в то время как Империя собирается распространить свою власть на весь континент.

В ходе войны Федерация обнаруживает, что Империя обладает секретным оружием, известным как «Валькирия». Это древняя раса с особыми силами, слышать о которой можно было лишь в легендах. Располагая данными знаниями, Федерация имеет все шансы переломить ход войны и надеяться на лучшее, сбалансированное будущее.