Когда Нагатэ Таникадзэ только выбрался на верхние уровни «Сидонии» и познакомился с другими обитателями корабля, все казалось ему простым и понятным: Гауна – враги, и с ними нужно сражаться. Но выясняется, что из своей оболочки, эны, Гауна способны воссоздать человеческое тело, и именно это происходит с погибшей подругой Таникадзэ Сидзукой Хосидзиро. А самое ужасное – Гауна могут скопировать не только тело, но и личность, и память человека... Но в чем тогда разница между копией и оригиналом?

Тайны самой «Сидонии» тоже продолжают множиться. Легендарный ученый Отиай, известный запрещенными экспериментами с эной и приговоренный к казни в конце Четвертой войны против Гауна, не только жив, но и освободился из заточения...