Благодаря канистре таинственного вещества и чудесному стечению обстоятельств четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек, обучил их искусству ниндзюцу и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло.

Лишенные поддержки мудрого наставника и отца, Черепашки-Ниндзя продолжают бороться за свое место под солнцем. Пока Леонардо помогает Клану «Фут» справиться с новой могучей угрозой, Донателло раскрывает тайны затерянной экспедиции утромов, Микеланджело по максимуму пользуется возможность свободно жить среди людей, а Рафаэль полностью меняет обличие и становится чертовски опасным для окружающих! Куда приведет каждого из них самостоятельный путь?